Els Centres de Control i Prevenció de Malalties dels Estats Units, CDC, van llançar un consorci per iniciar una xarxa nacional de laboratoris de seqüenciació que acceleraran l’alliberament de dades de seqüència SARS-CoV-2 al domini públic. L’alliberament ràpid de dades de seqüència de coronavirus obert us ajudarà Covid-19 donar resposta a la salut pública, impulsar la innovació i el descobriment, i avançar en la comprensió d’aquesta i futures pandèmies.
aquest Seqüenciació del SARS-CoV-2 per a la resposta a emergències, epidemiologia i vigilància en salut pública (SPHERES) consorci, que ampliarà considerablement l’ús de seqüenciació del genoma sencer (WGS) del virus COVID-19. SPHERES proporcionarà dades de seqüència coherents i en temps real als equips de resposta a la salut pública que investiguen casos i clústers de COVID-19 a tot el país.
Aquest nou consorci els ajudarà a comprendre millor com s'estén el virus, tant a nivell nacional com a les seves comunitats locals. Al seu torn, millors dades ajudaran els funcionaris de salut pública a interrompre les cadenes de transmissió, prevenir nous casos de malalties i protegir i salvar vides.
“Els Estats Units són el líder mundial en seqüenciació ràpida i avançada del genoma. Aquest esforç coordinat entre els nostres laboratoris públics, privats, clínics i acadèmics de salut pública tindrà un paper vital en la comprensió de la transmissió, evolució i tractament del SARS-CoV-2. Estic segur que les nostres ments més bones i més hàbils treballen juntes per ajudar-nos a salvar vides avui i demà ", va dir el director de CDC, Robert Redfield, MD
Seguiment del virus COVID-19 a mesura que evoluciona
Les dades de seqüències genòmiques poden donar una visió sense precedents de la biologia del SARS-CoV-2, el virus que causa el COVID-19, i ajudar a definir el paisatge canviant de la pandèmia. Mitjançant la seqüenciació de virus de tots els Estats Units, CDC i altres autoritats de salut pública poden controlar els canvis importants en el virus i utilitzar aquesta informació per orientar el rastreig de contactes, els esforços de mitigació de la salut pública i les estratègies de control de la infecció.
El consorci SPHERES és un ambiciós esforç per coordinar la seqüenciació del genoma del SARS-CoV-2 a nivell nacional, organitzant dotzenes d’esforços individuals més petits en una xarxa distribuïda única de laboratoris, institucions i corporacions. El consorci combina l'experiència, la tecnologia i els recursos de 40 departaments de salut pública estatals i locals, diversos grans laboratoris clínics i més de dues dotzenes d'institucions col·laboradores del govern federal, acadèmic i del sector privat.
SPHERES establirà bones pràctiques i estàndards de dades consensuats, accelerarà l’intercanvi obert de dades i establirà un conjunt de recursos i experiència per ajudar a aportar tecnologia d’avantguarda a la resposta nacional COVID-19.
Dades de SPHERES obertes, compartides
Els membres del consorci comparteixen el compromís d’un repartiment ràpid de seqüències obertes. Tenen previst enviar totes les dades de seqüències útils als repositoris públics del Centre Nacional d’Informació sobre Biotecnologia de la Biblioteca Nacional de Medicina (NLM / NCBI), la Iniciativa Global per compartir dades de la grip aviària (GISAID) i altres repositoris de seqüències públiques. Això ajudarà a garantir que les dades de seqüències virals de tots els Estats Units estiguin ràpidament disponibles per a la presa de decisions de salut pública i siguin de lliure accés per als investigadors de tot arreu.
Els membres del consorci inclouen:
Agències i laboratoris federals
Centres de Control i Prevenció de Malalties, Oficina de Deteccions Moleculars Avançades
Laboratori Nacional Argonne
Agència de Salut de Defensa, Infecciosa global Malaltia Vigilància
Aliments i medicaments
Laboratori Nacional Lawrence Berkeley
Laboratori Nacional de Los Alamos
Institut Nacional d’Al·lèrgies i Malalties Infeccioses, Oficina de Genòmica i Tecnologia Avançada
Institut Nacional de Normes i Tecnologia
Centre Nacional d'Informació sobre Biotecnologia de la Biblioteca Nacional de Medicina
Walter Reed Army Institute of Research
Laboratoris de salut pública estatals / locals
Arizona
Califòrnia
Delaware
Districte de Colúmbia
Florida
Hawaii
Maine
Maryland
Massachusetts
Michigan
Minnesota
North Carolina
North Dakota
Nevada
New Mexico
nova York
Utah
Virginia
Washington
Wisconsin
Wyoming
Institucions acadèmiques
Baylor University
Universitat de Cornell
Centre de Recerca del Càncer Fred Hutchinson
Escola de Medicina Mount Sinai
Universitat de Nova York
Universitat del nord d'Arizona
Universitat de Buffalo
Universitat de Califòrnia, Berkeley
Universitat de Califòrnia, Davis
Universitat de Califòrnia, Irvine
Universitat de Califòrnia, Los Angeles
Universitat de Califòrnia, San Francisco
Universitat de Califòrnia, Santa Cruz
Universitat de Chicago
Universitat de Maryland
Universitat de Minnesota
Universitat de Nebraska
University of New Mexico
Universitat de Washington
Universitat de Yale
Empreses
Diagnòstic Abbott
bioMerieux
Genòmica del color
Bioworks de Gingko
IDbyDNA
In-Q-Tel
LabCorp
Un Còdex
Oxford Nanopore Technologies
Biosciències del Pacífic
Qiagen
Quest Diagnostics
Ciències de la vida
Els noms de les corporacions només es proporcionen a efectes informatius i la seva inclusió aquí no constitueix un aval de les corporacions ni de cap dels seus productes o serveis comercials per part dels Centres de Control i Prevenció de Malalties dels EUA.
Instituts de recerca o salut pública sense ànim de lucre
Associació de Laboratoris de Salut Pública
Fundació Bill i Melinda Gates
Institut ampli
Chan Zuckerberg BioHub
Institut Craig Venter
Aliança de salut pública per a l’epidemiologia genòmica
Investigació Scripps
El laboratori de Jackson
Institut de Recerca en Genòmica Translacional - Nord
Fundació Walder
Durant els darrers sis anys, el programa d’Oficina de Detecció Molecular Avançada de CDC ha invertit en laboratoris de salut pública federals i estatals per ampliar l’ús de genòmica de patògens i altres tecnologies avançades de laboratori per a la vigilància de malalties infeccioses i la resposta a brots. La inversió actual del consorci té com a objectiu salvar vides a la pandèmia SARS-CoV-2 i preparar els Estats Units i el món per a una resposta futura a la pandèmia.
Per obtenir més informació sobre la seqüenciació genòmica o el treball de CDC en detecció molecular avançada, visiteu https://www.cdc.gov/amd/
