El sospitós (poc habitual) de la novel·la Coronavirus d'origen de ratpenat

A un estudi recent identifica la nou coronavirus responsable de l'epidèmia de pneumònia a la província de Hubei, a la Xina—El virus d'origen del ratpenat està relacionat amb altres coronavirus patògens coneguts

El 2019 el nou coronavirus (CoV) causa una pneumònia mortal que ha causat més de 1300 vides, amb més de 52000 casos confirmats d'infecció per 13 de febrer de 2020, tot en un lapse de poc més d’un mes. Però, què és aquest virus? És completament un virus nou? D’on va sorgir? Els científics dels millors instituts de recerca de la Xina es van unir per respondre a aquestes preguntes i aquest estudi pioner s’ha publicat a Revista mèdica xinesa.

https://www.youtube.com/watch?v=jFKWluuMdgs

A principis de desembre, algunes persones a la ciutat de Wuhan, a la província de Hubei, a la Xina, van començar a emmalaltir després d’anar a un mercat local de marisc. Van experimentar símptomes com tos, febre i dificultat per respirar, i fins i tot complicacions relacionades amb la síndrome de trastorn respiratori agut (SDRA). El diagnòstic immediat va ser una pneumònia, però la causa exacta no va ser explicada. Què va causar aquest nou brot? És la síndrome respiratòria aguda greu (SARS) -CoV? És la síndrome respiratòria de l'Orient Mitjà (MERS) -CoV? Resulta que els científics havien iniciat un estudi per identificar aquest virus al desembre després d’analitzar els primers casos. Aquest estudi es publica ara a Revista mèdica xinesa i s’ha establert la identitat del virus: es tracta d’un virus completament nou, estretament relacionat amb el CoV, semblant al SARS de ratpenat. El doctor Jianwei Wang (Acadèmia Xinesa de Ciències Mèdiques, Institut de Biologia Patògena), investigador principal de l'estudi, afirma:El nostre document ha establert la identitat del CoV d'origen de ratpenat que fins ara no es coneixia."

En aquest estudi, científics de reconeguts instituts d’investigació de la Xina, com l’Acadèmia Xinesa de Ciències Mèdiques, l’Institut de Biologia Patògena, l’Hospital d’Amistat Xina-Japó i el Peking Union Medical College, van descobrir i identificar conjuntament el nou CoV, el principal culpable de el brot de Wuhan: per seqüenciació de nova generació (NGS). Es van centrar en cinc pacients ingressats a l'Hospital Jin Yin-tan de Wuhan, la majoria dels quals eren treballadors del mercat de peix i marisc Huanan a Wuhan. Aquests pacients tenien febre alta, tos i altres símptomes, i se'ls va diagnosticar inicialment pneumònia, però de causa desconeguda. La condició d'alguns pacients va empitjorar ràpidament a ARDS; un fins i tot va morir. El doctor Wang diu:Les radiografies toràciques dels pacients van mostrar algunes opacitats i consolidacions de boira, que són típiques de la pneumònia. No obstant això, volíem esbrinar què va causar la pneumònia i els nostres experiments posteriors van revelar la causa exacta—Un nou CoV que abans no es coneixia."

Per a l’estudi, els científics van utilitzar mostres de líquids de rentat broncoalveolar (BAL) extretes dels pacients (BAL és un procediment en el qual el fluid estèril es transfereix als pulmons mitjançant un broncoscopi i es recull per analitzar-lo).

En primer lloc, els científics van intentar identificar el virus mitjançant la seqüenciació del genoma, mitjançant la tecnologia NGS. NGS és el mètode de cribratge preferit per identificar patògens desconeguts perquè detecta i descarta ràpidament tots els microorganismes patògens coneguts de la mostra. Basant-se en la seqüenciació de l’ADN / ARN de les mostres de fluid BAL, els científics van trobar que la majoria de les lectures virals pertanyien a la família CoV. Els científics van reunir les diferents "lectures" que pertanyien a CoVs i van construir tota una seqüència genòmica per al nou virus; aquestes seqüències eren del 99.8-99.9% similars entre totes les mostres dels pacients, cosa que confirma que aquest virus era el patogen comú en tots els pacients. A més, mitjançant l'anàlisi d'homologia, on es compara una seqüència de genoma amb altres seqüències de genoma conegudes (amb un llindar predeterminat del 90% perquè es consideri una seqüència "nova"), van confirmar que la seqüència de genoma d'aquest nou virus és del 79.0% similar al SARS-CoV, al voltant del 51.8% similar al MERS-CoV i al voltant del 87.6-87.7% similar a altres CoV similars al SARS dels ratpenats xinesos de ferradura (anomenats ZC45 i ZXC21). L’anàlisi filogenètica va mostrar que les seqüències de les cinc soques de CoV obtingudes eren les més properes a les de les soques derivades de ratpenats, però formaven branques evolutives separades. Aquestes troballes suggereixen clarament que el virus es va originar a ratpenats. El doctor Wang afirma:Com que les similituds del gen de la replicasa viral amb la resta de virus "similars" coneguts són encara inferiors al 90%, i també tenint en compte els resultats de l'anàlisi filogenètica, considerem que es tracta d'un CoV nou, desconegut fins ara. Aquest nou virus s’anomena temporalment 2019-ncov."

Finalment, els científics van passar a "aïllar" el virus de les mostres de líquid BAL comprovant si les mostres de fluid mostraven un efecte citopàtic a les línies cel·lulars del laboratori. Les cèl·lules exposades a les mostres de fluid es van observar amb un microscopi electrònic i els científics van trobar estructures característiques del CoV. També van utilitzar la immunofluorescència, una tècnica que utilitza anticossos específics etiquetats amb colorants fluorescents. Per a això, van utilitzar sèrum dels pacients en recuperació (que contenien anticossos), que reaccionaven amb les partícules víriques a l'interior de les cèl·lules; això va confirmar que aquest virus era la causa de la infecció.

Aquest estudi obre el camí a futurs estudis per comprendre millor el virus i les seves fonts, sobretot atesa la seva ràpida propagació, la seva capacitat de causar ARDS mortal i el pànic causat pel brot. Tot i que 4 dels 5 pacients dels quals es va identificar aquest virus provenien d’un mercat de productes del mar a Wuhan, es desconeix l’origen exacte de la infecció. El CoV s'hauria pogut transmetre als humans a través d'un transportador "intermedi", com en el cas de SARS-CoV (carn de civet de palma) o MERS-CoV (camell). El doctor Wang conclou:Tots els CoV humans són zoonòtics i diversos CoV humans s’han originat a ratpenats, inclosos els CoV SARS i MERS. El nostre estudi mostra clarament la necessitat urgent d’un control regular de la transmissió de CoV d’origen de ratpenat als humans. L’aparició d’aquest virus és una amenaça massiva per a la salut pública i, per tant, és d’importància crítica entendre la font d’aquest virus i decidir els passos següents abans de presenciar un brot a gran escala.".