La UNESCO ha designat una sèrie de llocs associats a la història a quadres dels cristians del Japó dels segles XVI al XIX com a 16è Patrimoni Cultural Mundial del país. El "lloc" està format per deu pobles del nord-oest de Kyushu, a més de les ruïnes del castell de Hara, construït originalment pels portuguesos, i de la catedral de Santa Maria de la Immaculada Concepció de la ciutat de Nagasaki.
Com que la pràctica del cristianisme va ser prohibida al Japó fins al 1873, els cristians (coneguts com Kakure Kirishitan) van adorar-i els missioners van difondre l’evangeli en secret. Són les esglésies “secretes” dels llocs en pobles remots “cristians” i illes aïllades que són el component principal del reconeixement de la UNESCO. Les ruïnes del castell de Hara són un altre element, ja que va ser utilitzat per missioners portuguesos i holandesos.
Un dels exemples més visibles de la designació de la UNESCO és la catedral catòlica romana de Santa Maria de Nagasaki, també coneguda com la catedral de la Immaculada Concepció, construïda el 1914 després de la retirada de la prohibició del cristianisme. La catedral original va ser destruïda per la bomba atòmica que va caure sobre Nagasaki l'agost de 1945 i una rèplica de l'original es va consagrar el 1959. Estàtues i artefactes danyats durant el bombardeig, inclosa una campana de l'Angelus francès, ara es mostren als terrenys (i a la Catedral de la Immaculada Concepció). El proper Peace Park conté restes de les muralles originals de la catedral. L'església Oura és una altra església catòlica de Nagasaki. Construïda cap al final del període Edo el 1864 per un missioner francès per a la creixent comunitat de comerciants estrangers de la ciutat, és considerada l’església cristiana més antiga del Japó i un dels majors tresors nacionals del país.
Històricament, Nagasaki va ser durant molt de temps l’entrada inicial dels estrangers al Japó. Va ser a Nagasaki el 1859, després que el comodor dels Estats Units Perry fes servir la diplomàcia de canons per demanar la fi de la política d’aïllament de més de 200 anys del Japó, que diplomàtics de països de tot el món varen exigir l’obertura del port a comerç. Posteriorment, l’emperador Meiji va declarar Nagasaki com a port franc el 1859. I va ser Nagasaki l’escenari de la novel·la de John Luther Long de 1898, Madame Butterfly, que, el 1904, va ser transformada en una òpera per Giacomo Puccini i que continua sent una de les més importants del món. òperes més estimades.
